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一、组织保障
中心设立学术委员会、管理委员会和室务会三种机构。
1.学术委员会。设名誉主任1名，主任1名、副主任2名，秘书1名，委员7人。目前主任孙书文，副主任：涂俊（南开大学）、陈长书（常务）。负责制定学术规划，审议的年度计划，参与重大项目和其他开放研究课题的评审，参与重大成果的评审鉴定等。
2.管理委员会。设主任1名、副主任5名，秘书1名。目前主任陈长书，副主任：李建平等。为实验室运行管理工作相关事项审议、咨询与决策机构，对实验室建设与运行管理等重大事项拥有决策权，并支持实验室主任在其职责范围内独立地开展工作。
3.室务会。中心下属办公室、机房和课程体验中心分设主任1名，重要日常事务由主任召集室务会讨论决定，民主管理，科学决策。
二、制度保障和管理规范
经过多年的摸索发展，中文实验室逐渐初步建立了一套完整的管理制度，包括《仪器设备使用规定》《学术委员会工作章程》《运行经费使用办法》《学术交流审批流程》《室务委员会工作章程》《对外宣传的有关条例》《关于加强科研活动档案材料管理的规定》等规章制度，有效保障中心的日常运转和对外交流。
从人才培养目标出发，建设虚仿资源设计队伍，建设实验内容保证体系、队伍保证体系和环境与设备保证体系，充分利用新技术，加强教学管理，形成新技术保证体系、教学考核体系、教学督导体系。
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